舞台は前作『ライザのアトリエ２』から約1年後。成長したライザと仲間たちによる“最後の夏の冒険”が始まります。錬金術の根源・世界の謎・ライザと仲間たちそれぞれの目標の終着点をテーマに、ライザたちの冒険の終わりに相応しいフィナーレを描きます。